Přehled o publikaci
2024
BenchStab: A tool for automated querying of web-based stability predictors
VELECKÝ, Jan; Matej BEREZNÝ; Miloš MUSIL; Jiří DAMBORSKÝ; David BEDNÁŘ et al.Základní údaje
Originální název
BenchStab: A tool for automated querying of web-based stability predictors
Autoři
VELECKÝ, Jan; Matej BEREZNÝ; Miloš MUSIL; Jiří DAMBORSKÝ; David BEDNÁŘ a Stanislav MAZURENKO
Vydání
Bioinformatics, Oxford (UK), Oxford University Press, 2024, 1367-4803
Další údaje
Jazyk
angličtina
Typ výsledku
Článek v odborném periodiku
Stát vydavatele
Velká Británie a Severní Irsko
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Odkazy
Označené pro přenos do RIV
Ano
Kód RIV
RIV/00216224:14310/24:00137147
Organizace
Přírodovědecká fakulta – Masarykova univerzita – Repozitář
UT WoS
EID Scopus
Klíčová slova anglicky
PROTEIN STABILITY; SERVER; MUTATIONS; CHALLENGES
Návaznosti
LM2018140, projekt VaV. LM2023055, projekt VaV. LM2023069, projekt VaV. LX22NPO5107, projekt VaV. 857560, interní kód Repo.
Změněno: 18. 6. 2025 00:49, RNDr. Daniel Jakubík
Anotace
V originále
Protein design requires information about how mutations affect protein stability. Many web-based predictors are available for this purpose, yet comparing them or using them en masse is difficult. Here, we present BenchStab, a console tool/Python package for easy and quick execution of 19 predictors and result collection on a list of mutants. Moreover, the tool is easily extensible with additional predictors. We created an independent dataset derived from the FireProtDB and evaluated 24 different prediction methods.Availability and implementation BenchStab is an open-source Python package available at https://github.com/loschmidt/BenchStab with a detailed README and example usage at https://loschmidt.chemi.muni.cz/benchstab. The BenchStab dataset is available on Zenodo: https://zenodo.org/records/10637728
