J 2018

Implementing efficient concerted rotations using Mathematica and C code

TUBIANA, L., Miroslav JURÁSEK a I. COLUZZA

Základní údaje

Originální název

Implementing efficient concerted rotations using Mathematica and C code

Autoři

TUBIANA, L. (40 Rakousko), Miroslav JURÁSEK (203 Česká republika, garant, domácí) a I. COLUZZA (724 Španělsko)

Vydání

EUROPEAN PHYSICAL JOURNAL E, NEW YORK, SPRINGER, 2018, 1292-8941

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Článek v odborném periodiku

Stát vydavatele

Spojené státy

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Kód RIV

RIV/00216224:14740/18:00101714

Organizace

Středoevropský technologický institut – Masarykova univerzita – Repozitář

UT WoS

000439642100001

Klíčová slova anglicky

INTRINSICALLY UNSTRUCTURED PROTEINS; MONTE-CARLO SIMULATIONS; COARSE-GRAINED MODELS; MOLECULAR-DYNAMICS; SYSTEMS; ALGORITHM

Návaznosti

GA17-11571S, projekt VaV. LM2015085, projekt VaV. LQ1601, projekt VaV. 692068, interní kód Repo.
Změněno: 7. 9. 2020 17:50, RNDr. Daniel Jakubík

Anotace

V originále

In this article we demonstrate a general and efficient metaprogramming implementation of concerted rotations using Mathematica. Concerted rotations allow the movement of a fixed portion of a polymer backbone with fixed bending angles, like a protein, while maintaining the correct geometry of the backbone and the initial and final points of the portion fixed. Our implementation uses Mathematica to generate a C code which is then wrapped in a library by a Python script. The user can modify the Mathematica notebook to generate a set of concerted rotations suited for a particular backbone geometry, without having to write the C code himself. The resulting code is highly optimized, performing on the order of thousands of operations per second.
Zobrazeno: 20. 10. 2024 00:20