Přehled o publikaci
2017
Directed evolution of biocircuits using conjugative plasmids and CRISPR-Cas9: design and in silico experiments
BENEŠ, David; Alfonso RODRIGUEZ-PATON a Petr SOSÍKZákladní údaje
Originální název
Directed evolution of biocircuits using conjugative plasmids and CRISPR-Cas9: design and in silico experiments
Autoři
BENEŠ, David (203 Česká republika, garant, domácí); Alfonso RODRIGUEZ-PATON (724 Španělsko) a Petr SOSÍK (203 Česká republika, domácí)
Vydání
Natural Computing, Springer Netherlands, 2017, 1567-7818
Další údaje
Jazyk
angličtina
Typ výsledku
Článek v odborném periodiku
Obor
10201 Computer sciences, information science, bioinformatics
Stát vydavatele
Nizozemské království
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Odkazy
Kód RIV
RIV/47813059:19240/17:A0000085
Organizace
Filozoficko-přírodovědecká fakulta – Slezská univerzita v Opavě – Repozitář
UT WoS
000407824400010
EID Scopus
2-s2.0-85006414967
Klíčová slova anglicky
Biocircuit; Conjugative plasmid; CRISPR-Cas9; Directed evolution; Evolutionary search; Genetic circuit; Programmed evolution
Příznaky
Mezinárodní význam, Recenzováno
Návaznosti
LQ1602, projekt VaV.
Změněno: 26. 3. 2018 08:50, Mgr. Kamil Matula
Anotace
V originále
Recent links between computer science and synthetic biology allow for construction of many kinds of algorithmic processes within cells, obtained either by a direct engineered design or by an evolutionary search. In the latter case, horizontal gene transfer and especially transfer of plasmids by conjugation is generally respected as a crucial source of genetic diversity in bacteria. While some previous studies focused on mutations as the crucial principle to obtain diversity for engineered evolution, here we consider conjugation itself as a tool to generate diversity from a pre-determined library of biocircuits basic components. The recent development of CRISPR-Cas9 and its programmable DNA cutting ability makes it a powerful selection tool able to remove nonfunctional biocircuits from a cell population. In this paper, we describe a framework for controlled bacterial evolution of biocircuits based on conjugation and on CRISPR-Cas9, resulting in a direct biological implementation of an evolutionary algorithm. In silico experiments provide data to estimate the computational/search capability of plasmid-based engineered evolution.