Obsahem metodiky je doporučení postupu pro vyřešení otázky absence regulačního orgánu pro sektor železniční dopravy dle požadavků evropské legislativy; dále postup liberalizace železniční dopravy skrze minimalizaci bariér volného podnikání s jasným vymezením činnosti správce infrastruktury a jeho role ve vztahu k incumbentovi (konkrétně v případě České republiky dokončením vydělení infrastruktury a činností spojených s údržbou a řízením sítě od Českých drah). S tím souvisí doporučený postup pro transparentní a nediskriminační stanovení poplatků za použití dopravní cesty včetně odběru trakční energie a rekuperace, s cílem dosáhnout ekonomické rovnováhy mezi užitím cesty a náklady na zajištění provozu na ní. Metodika navrhuje přidělení kapacity na základě ekonomických stimulů (cena cesty ve vazbě na kvalitu, resp. s možností jejich dražby) spolu s uzavřením několikaleté rámcové smlouvy, což by na základě koncepčních požadavků objednatelů a dopravců upřesňovalo strategii investičního rozvoje sítě. Pro osobní dopravu metodika navrhuje základní varianty vzájemného uznávání jízdních dokladů mezi dopravci.