Informační systém Repo 

ValTrendsDB: bringing Protein Data Bank validation information closer to the user

česky | in English

Přihlášení

eduID.cz
 
HORSKÝ, Vladimír, Veronika BENDOVÁ, Dominik TOUŠEK, Jaroslav KOČA a Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ. ValTrendsDB: bringing Protein Data Bank validation information closer to the user. Bioinformatics, Oxford (UK): Oxford University Press, 2019, roč. 2019, 2.7.2019, s. 1-2. ISSN 1367-4803.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název ValTrendsDB: bringing Protein Data Bank validation information closer to the user
Autoři HORSKÝ, Vladimír, Veronika BENDOVÁ, Dominik TOUŠEK, Jaroslav KOČA a Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ.
Vydání Bioinformatics, Oxford (UK), Oxford University Press, 2019, 1367-4803.
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Článek v odborném periodiku
Stát vydavatele Spojené království
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
WWW URL
Organizace Středoevropský technologický institut - Masarykova univerzita
Klíčová slova anglicky PDB; PDBe; Protein Data Bank; three-dimensional macromolecular structure; validation; wwPDB validation pipeline; ligands; ValTrendsDB; X-ray crystallography; NMR spectroscopy; 3DEM; database; trends in quality; visualization; statistical analysis
Návaznosti ATCZ40. EF16_013/0001777, projekt VaV. LM2015047, projekt VaV. LQ1601, projekt VaV. MUNI/A/1503/2018. 676559.
Změnil Změnil: RNDr. Daniel Jakubík, učo 139797. Změněno: 8. 8. 2019 00:59.
Anotace
Structures in PDB tend to contain errors. This is a very serious issue for authors that rely on such potentially problematic data. The community of structural biologists develops validation methods as countermeasures, which are also included in the PDB deposition system. But how are these validation efforts influencing the structure quality of subsequently published data? Which quality aspects are improving, and which remain problematic? We developed ValTrendsDB, a database that provides the results of an extensive exploratory analysis of relationships between quality criteria, size and metadata of biomacromolecules. Key input data are sourced from PDB. The discovered trends are presented via precomputed information-rich plots. ValTrendsDB also supports the visualization of a set of user-defined structures on top of general quality trends. Therefore, ValTrendsDB enables users to see the quality of structures published by selected author, laboratory or journal, discover quality outliers, etc. ValTrendsDB is updated weekly. ValTrendsDB is freely accessible at http://ncbr.muni.cz/ValTrendsDB. The web interface was implemented in JavaScript. The database was implemented in C++.
Typ Název Vložil/a Vloženo Práva
36006 /1 Jakubík, D. 8. 8. 2019

Vlastnosti

Název
36006
Aplikace
Obnovit.
Adresa v ISu
https://repozitar.cz/auth/repo/36006/
Adresa ze světa
https://repozitar.cz/repo/36006/
Adresa do Správce
https://repozitar.cz/auth/repo/36006/?info
Ze světa do Správce
https://repozitar.cz/repo/36006/?info
Vloženo
Čt 8. 8. 2019 00:59

Práva

Právo číst
  • kdokoliv v Internetu
Právo vkládat
 
Právo spravovat
  • osoba RNDr. Daniel Jakubík, uco 139797
Atributy
 
btz532.pdf Licence Creative Commons  Verze souboru 8. 8. 2019

Vlastnosti

Název
btz532.pdf
Adresa v ISu
https://repozitar.cz/auth/repo/36006/689446/
Adresa ze světa
https://repozitar.cz/repo/36006/689446/
Adresa do Správce
https://repozitar.cz/auth/repo/36006/689446/?info
Ze světa do Správce
https://repozitar.cz/repo/36006/689446/?info
Vloženo
Čt 8. 8. 2019 00:59

Práva

Právo číst
  • kdokoliv v Internetu
Právo vkládat
 
Právo spravovat
  • osoba Mgr. Lucie Vařechová, uco 106253
  • osoba RNDr. Daniel Jakubík, uco 139797
  • osoba Mgr. Jolana Surýnková, uco 220973
Atributy
 
Vytisknout
Přidat do schránky Zobrazeno: 18. 8. 2019 21:43

Relevantní odkazy 

Další projekty

Službu Repozitar.cz provozuje Vývojový tým Informačního systému Masarykovy univerzity.


Nahoru | Aktuální datum a čas: 18. 8. 2019 21:43, 33. (lichý) týden

Kontakty: repozitar(zavináč/atsign)fi(tečka/dot)muni(tečka/dot)cz