HORSKÝ, Vladimír, Veronika BENDOVÁ, Dominik TOUŠEK, Jaroslav KOČA a Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ. ValTrendsDB: bringing Protein Data Bank validation information closer to the user. Bioinformatics. Oxford (UK): Oxford University Press, roč. 35, č. 24, s. 5389-5390. ISSN 1367-4803. 2019.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název ValTrendsDB: bringing Protein Data Bank validation information closer to the user
Autoři HORSKÝ, Vladimír (203 Česká republika, domácí), Veronika BENDOVÁ (203 Česká republika, domácí), Dominik TOUŠEK (203 Česká republika, domácí), Jaroslav KOČA (203 Česká republika, domácí) a Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ (203 Česká republika, garant, domácí).
Vydání Bioinformatics, Oxford (UK), Oxford University Press, 2019, 1367-4803.
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Článek v odborném periodiku
Stát vydavatele Velká Británie a Severní Irsko
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
WWW URL
Kód RIV RIV/00216224:14740/19:00110332
Organizace Středoevropský technologický institut – Masarykova univerzita – Repozitář
UT WoS 000509361200062
Klíčová slova anglicky PDB; PDBe; Protein Data Bank; three-dimensional macromolecular structure; validation; wwPDB validation pipeline; ligands; ValTrendsDB; X-ray crystallography; NMR spectroscopy; 3DEM; database; trends in quality; visualization; statistical analysis
Návaznosti ATCZ40, interní kód Repo. EF16_013/0001777, projekt VaV. LM2015047, projekt VaV. LQ1601, projekt VaV. MUNI/A/1503/2018, interní kód Repo. 676559, interní kód Repo.
Změnil Změnil: RNDr. Daniel Jakubík, učo 139797. Změněno: 8. 9. 2020 20:54.
Anotace
Structures in PDB tend to contain errors. This is a very serious issue for authors that rely on such potentially problematic data. The community of structural biologists develops validation methods as countermeasures, which are also included in the PDB deposition system. But how are these validation efforts influencing the structure quality of subsequently published data? Which quality aspects are improving, and which remain problematic? We developed ValTrendsDB, a database that provides the results of an extensive exploratory analysis of relationships between quality criteria, size and metadata of biomacromolecules. Key input data are sourced from PDB. The discovered trends are presented via precomputed information-rich plots. ValTrendsDB also supports the visualization of a set of user-defined structures on top of general quality trends. Therefore, ValTrendsDB enables users to see the quality of structures published by selected author, laboratory or journal, discover quality outliers, etc. ValTrendsDB is updated weekly. ValTrendsDB is freely accessible at http://ncbr.muni.cz/ValTrendsDB. The web interface was implemented in JavaScript. The database was implemented in C++.
Typ Název Vložil/a Vloženo Práva
btz532.pdf Licence Creative Commons  Verze souboru 8. 8. 2019

Vlastnosti

Název
btz532.pdf
Adresa v ISu
https://repozitar.cz/auth/repo/36006/689446/
Adresa ze světa
https://repozitar.cz/repo/36006/689446/
Adresa do Správce
https://repozitar.cz/auth/repo/36006/689446/?info
Ze světa do Správce
https://repozitar.cz/repo/36006/689446/?info
Vloženo
Čt 8. 8. 2019 00:59

Práva

Právo číst
  • kdokoliv v Internetu
Právo vkládat
 
Právo spravovat
  • osoba Mgr. Lucie Vařechová, uco 106253
  • osoba RNDr. Daniel Jakubík, uco 139797
  • osoba Mgr. Jolana Surýnková, uco 220973
Atributy
 
btz532.pdf Licence Creative Commons  Verze souboru 15. 8. 2020

Vlastnosti

Název
btz532.pdf
Adresa v ISu
https://repozitar.cz/auth/repo/36006/872355/
Adresa ze světa
https://repozitar.cz/repo/36006/872355/
Adresa do Správce
https://repozitar.cz/auth/repo/36006/872355/?info
Ze světa do Správce
https://repozitar.cz/repo/36006/872355/?info
Vloženo
So 15. 8. 2020 05:34

Práva

Právo číst
  • kdokoliv v Internetu
Právo vkládat
 
Právo spravovat
  • osoba Mgr. Lucie Vařechová, uco 106253
  • osoba RNDr. Daniel Jakubík, uco 139797
  • osoba Mgr. Jolana Surýnková, uco 220973
Atributy
 
Vytisknout
Přidat do schránky Zobrazeno: 28. 3. 2024 23:55