Podrobný výpis o publikaci
2018
Implementing efficient concerted rotations using Mathematica and C code
TUBIANA, L., Miroslav JURÁSEK a I. COLUZZAZákladní údaje
Originální název
Implementing efficient concerted rotations using Mathematica and C code
Autoři
TUBIANA, L. (40 Rakousko), Miroslav JURÁSEK (203 Česká republika, garant, domácí) a I. COLUZZA (724 Španělsko)
Vydání
EUROPEAN PHYSICAL JOURNAL E, NEW YORK, SPRINGER, 2018, 1292-8941
Další údaje
Jazyk
angličtina
Typ výsledku
Článek v odborném periodiku
Stát vydavatele
Spojené státy
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Kód RIV
RIV/00216224:14740/18:00101714
Organizace
Středoevropský technologický institut – Masarykova univerzita – Repozitář
UT WoS
000439642100001
Klíčová slova anglicky
INTRINSICALLY UNSTRUCTURED PROTEINS; MONTE-CARLO SIMULATIONS; COARSE-GRAINED MODELS; MOLECULAR-DYNAMICS; SYSTEMS; ALGORITHM
Návaznosti
GA17-11571S, projekt VaV. LM2015085, projekt VaV. LQ1601, projekt VaV. 692068, interní kód Repo.
Změněno: 7. 9. 2020 17:50, RNDr. Daniel Jakubík
Anotace
V originále
In this article we demonstrate a general and efficient metaprogramming implementation of concerted rotations using Mathematica. Concerted rotations allow the movement of a fixed portion of a polymer backbone with fixed bending angles, like a protein, while maintaining the correct geometry of the backbone and the initial and final points of the portion fixed. Our implementation uses Mathematica to generate a C code which is then wrapped in a library by a Python script. The user can modify the Mathematica notebook to generate a set of concerted rotations suited for a particular backbone geometry, without having to write the C code himself. The resulting code is highly optimized, performing on the order of thousands of operations per second.