Přehled o publikaci
2024
Potenciál pokročilých genomických metod pro analýzu komplexního karyotypu: příklad využití u chronické lymfocytární leukémie
ČERNOVSKÁ, Karolína; Sabina ADAMOVÁ; Kamila STRÁNSKÁ; Jan SVATOŇ; Jakub Paweł PORC et al.Basic information
Original name
Potenciál pokročilých genomických metod pro analýzu komplexního karyotypu: příklad využití u chronické lymfocytární leukémie
Name (in English)
The Potential of Advanced Genomic Methods for Complex Karyotype Analysis: A Case Study in Chronic Lymphocytic Leukemia
Authors
ČERNOVSKÁ, Karolína; Sabina ADAMOVÁ; Kamila STRÁNSKÁ; Jan SVATOŇ; Jakub Paweł PORC; Natálie KAZDOVÁ; Eva ONDROUŠKOVÁ; Kristýna TAUŠOVÁ; Michaela BOHÚNOVÁ; Tobias RAUSCH; Karol PÁL; Jakub HYNŠT; Vladimír BENEŠ; Šárka POSPÍŠILOVÁ; Marie JAROŠOVÁ; Jana KOTAŠKOVÁ and Karla PLEVOVÁ
Edition
26. celostátní konference DNA diagnostiky, 2024
Other information
Language
Czech
Type of outcome
Konferenční abstrakta
Country of publisher
Czech Republic
Confidentiality degree
is not subject to a state or trade secret
References:
Marked to be transferred to RIV
Yes
RIV identification code
RIV/00216224:14740/24:00137824
Organization
Středoevropský technologický institut – Repository – Repository
Keywords (in Czech)
CLL; chomoromové změny; detekce; OGM; Hi-C
Keywords in English
CLL; chromosoma chnges; detekce; OGM; Hi-C
Links
MUNI/A/1558/2023, interní kód Repo. NU21-08-00237, research and development project.
Changed: 23/12/2025 00:51, RNDr. Daniel Jakubík
In the original language
Chronická lymfocytární leukémie (CLL) je nejčastějším typem leukémie dospělých v Západním světě. Je pro ni typický variabilní klinický průběh. U pacientů s nepříznivou prognózou se rekurentně vyskytuje komplexní karyotyp (CK), který je charakterizován přítomností ≥3 chromozomových změn, zahrnujících numerické a strukturní varianty (SV). Předpokládáme, že přesná charakterizace komplexních SV může přispět k pochopení molekulárních mechanismů vedoucích k progresi onemocnění a výběru vhodné terapie. K detekci chromozomových změn jsou u CLL využívané především G-pruhování, FISH a mFISH, které neposkytují informaci o sekvenci DNA či interakcích chromatinu a mají omezenou rozlišovací schopnost. Moderní technologie, jako jsou sekvenování s krátkým (Illumina) a dlouhým čtením (např. Oxford Nanopore Technologies; ONT), analýza konformace chromatinu (Hi-C) a optické mapování genomu (OGM; Bionano Genomics), poskytují komplexnější pohled na celý genom ve vysokém rozlišení. U 10 CLL pacientů s CK jsme provedli porovnání dat z uvedených rutinních i pokročilých metod. Pro identifikaci SV z ONT dat byl použit průnik nástrojů SVIM, Sniffles a Delly, u dat z Illuminy nástroje Delly a Manta. Pro analýzu SV detekovaných OGM byl použit postup Rare Variant Analysis a pro detekci aberací metodou Hi-C byly aplikovány nástroje EagleC a NeoLoopFinder. Názorné porovnání výsledků bude prezentováno na vybraném vzorku. Budou představeny možnosti výstupů a zhodnoceny výhody a nedostatky jednotlivých metod. Na základě našich výsledků věříme, že pokročilá analýza genomu je v kombinaci s tradičními přístupy velkým příslibem pro řešení komplexních chromozomových přestaveb nejen u CLL.
In English
Chronic lymphocytic leukemia (CLL) is the most common type of leukemia in adults in the Western world. It is characterized by a highly variable clinical course. In patients with an unfavorable prognosis, a complex karyotype (CK) is recurrently observed, defined by the presence of ≥3 chromosomal alterations, including numerical and structural variants (SVs). We hypothesize that precise characterization of complex SVs may contribute to understanding the molecular mechanisms driving disease progression and aid in selecting appropriate therapy. Chromosomal alterations in CLL are primarily detected using G-banding, FISH, and mFISH, which do not provide information on DNA sequence or chromatin interactions and have limited resolution. Modern technologies, such as short-read (Illumina) and long-read sequencing (e.g., Oxford Nanopore Technologies; ONT), chromatin conformation analysis (Hi-C), and optical genome mapping (OGM; Bionano Genomics), offer a more comprehensive, high-resolution view of the entire genome. We performed a comparative analysis of data from these routine and advanced methods in 10 CLL patients with CK. Structural variants from ONT data were identified using an intersection of the tools SVIM, Sniffles, and Delly, while Illumina data were analyzed using Delly and Manta. For analyzing SVs detected by OGM, the Rare Variant Analysis approach was applied, and for detecting aberrations using Hi-C, the tools EagleC and NeoLoopFinder were utilized. A visual comparison of results will be presented for a selected sample. The potential outputs of each method will be demonstrated, and the advantages and limitations of each approach will be assessed. Based on our findings, we believe that advanced genome analysis, in combination with traditional approaches, holds great promise for addressing complex chromosomal rearrangements, not only in CLL.
