J 2024

In-cell NMR suggests that DNA i-motif levels are strongly depleted in living human cells

VÍŠKOVÁ, Pavlína; Eva IŠTVÁNKOVÁ; Jan RYNEŠ; Šimon DŽATKO; Tomáš LOJA et. al.

Základní údaje

Originální název

In-cell NMR suggests that DNA i-motif levels are strongly depleted in living human cells

Autoři

VÍŠKOVÁ, Pavlína; Eva IŠTVÁNKOVÁ; Jan RYNEŠ; Šimon DŽATKO; Tomáš LOJA; Martina LENARČIČ ŽIVKOVIC; Riccardo RIGO; Roberto EL-KHOURY; Israel SERRANO-CHACON; Masad J DAMHA; Carlos GONZALEZ; Jean-Louis MERGNY; Silvie TRANTÍRKOVÁ a Lukáš TRANTÍREK

Vydání

Nature Communications, London, Nature Publishing Group, 2024, 2041-1723

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Článek v odborném periodiku

Stát vydavatele

Německo

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Odkazy

URL

Organizace

Středoevropský technologický institut – Masarykova univerzita – Repozitář

DOI

http://dx.doi.org/10.1038/s41467-024-46221-y

UT WoS

001180394600033

EID Scopus

2-s2.0-85186873110

Klíčová slova anglicky

CYTOSINE-RICH STRAND; G-QUADRUPLEX; HNRNP LL; MOLECULAR SWITCH; GENE-EXPRESSION; LOOP LENGTH; STABILITY; SEQUENCES; DOMAINS; PROTEIN

Návaznosti

EF18_046/0015974, projekt VaV. EF20_079/0017045, projekt VaV. GX19-26041X, projekt VaV. LM2023050, projekt VaV. LM2023053, projekt VaV. LX22NPO5102, projekt VaV. 871037, interní kód Repo. CIISB III, velká výzkumná infrastruktura. Czech-BioImaging III, velká výzkumná infrastruktura. EATRIS-CZ IV, velká výzkumná infrastruktura.
Změněno: 15. 3. 2025 00:51, RNDr. Daniel Jakubík

Anotace

V originále

gt; 7 appear as a mix of folded and unfolded states depending on the cell cycle phase. Comparing these results with previous data obtained using an iM-specific antibody (iMab) reveals that cell cycle-dependent iM formation has a dual origin, and iM formation concerns only a tiny fraction (possibly 1%) of genomic sites with iM formation propensity. We propose a comprehensive model aligning observations from iMab and in-cell NMR and enabling the identification of iMFPS capable of adopting iM structures under physiological conditions in living human cells. Our results suggest that many iMFPS may have biological roles linked to their unfolded states.
Zobrazeno: 18. 7. 2025 18:51