Přehled o publikaci
2016
Accelerated RMSD Calculation for Molecular Metadynamics
FILIPOVIČ, Jiří; Jana PAZÚRIKOVÁ; Aleš KŘENEK a Vojtěch SPIWOKZákladní údaje
Originální název
Accelerated RMSD Calculation for Molecular Metadynamics
Autoři
FILIPOVIČ, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí); Jana PAZÚRIKOVÁ (703 Slovensko, domácí); Aleš KŘENEK (203 Česká republika, domácí) a Vojtěch SPIWOK (203 Česká republika)
Vydání
Ghent, Belgie, Proceedings of the 2016 European Simulation and Modelling Conference, od s. 278-280, 3 s. 2016
Nakladatel
EUROSIS - ETI
Další údaje
Jazyk
angličtina
Typ výsledku
Stať ve sborníku
Obor
Informatika
Stát vydavatele
Belgie
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Forma vydání
tištěná verze "print"
Kód RIV
RIV/00216224:14610/16:00088323
Organizace
Ústav výpočetní techniky – Masarykova univerzita – Repozitář
ISBN
978-90-77381-95-3
EID Scopus
2-s2.0-85016016001
Klíčová slova anglicky
molecular metadynamics; RMSD; GPU acceleration
Návaznosti
GA15-17269S, projekt VaV. LM2015085, projekt VaV. MUNI/A/0945/2015, interní kód Repo.
Změněno: 3. 9. 2020 12:04, RNDr. Daniel Jakubík
Anotace
V originále
In this paper, we introduce GPU acceleration of RMSD approximation, which is computationally demanding task in molecular metadynamics. Comparing to tuned CPU implementation, we have reached 4.4x speedup using mid-end GPU. The scaling of our GPU implementation is sufficient to be usable in real-world application.
