Informační systém Repo
TUBIANA, L., Miroslav JURÁSEK a I. COLUZZA. Implementing efficient concerted rotations using Mathematica and C code. EUROPEAN PHYSICAL JOURNAL E, NEW YORK: SPRINGER, 2018, roč. 41, č. 7, s. 87-95. ISSN 1292-8941.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název Implementing efficient concerted rotations using Mathematica and C code
Autoři TUBIANA, L., Miroslav JURÁSEK a I. COLUZZA.
Vydání EUROPEAN PHYSICAL JOURNAL E, NEW YORK, SPRINGER, 2018, 1292-8941.
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Článek v odborném periodiku
Stát vydavatele Spojené státy americké
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
Organizace Středoevropský technologický institut - Masarykova univerzita
UT WoS 000439642100001
Klíčová slova anglicky INTRINSICALLY UNSTRUCTURED PROTEINS; MONTE-CARLO SIMULATIONS; COARSE-GRAINED MODELS; MOLECULAR-DYNAMICS; SYSTEMS; ALGORITHM
Návaznosti GA17-11571S, projekt VaV. LM2015085, projekt VaV. LQ1601, projekt VaV. 692068.
Změnil Změnil: RNDr. Daniel Jakubík, učo 139797. Změněno: 14. 3. 2019 00:55.
Anotace
In this article we demonstrate a general and efficient metaprogramming implementation of concerted rotations using Mathematica. Concerted rotations allow the movement of a fixed portion of a polymer backbone with fixed bending angles, like a protein, while maintaining the correct geometry of the backbone and the initial and final points of the portion fixed. Our implementation uses Mathematica to generate a C code which is then wrapped in a library by a Python script. The user can modify the Mathematica notebook to generate a set of concerted rotations suited for a particular backbone geometry, without having to write the C code himself. The resulting code is highly optimized, performing on the order of thousands of operations per second.
Zobrazeno: 26. 3. 2019 12:00